毛嚢炎の治療には、一般治療、局所治療、全身治療、理学療法、手術などがある。
1.一般的な治療：毎日皮膚を清潔に保ち、衛生的で、温水とマイルドな洗浄剤を選び、軽い食事を心がける。
2.局所治療：抗炎症、抗菌作用のある20％イクチオライト軟膏、3％ヨードチンキ、ムピロシン軟膏などを外用する。
3.全身治療：鼻周囲、鼻腔、外耳道にある毛包炎、または局所治療が無効な場合は、全身治療を行う。 酵素耐性ペニシリン系抗菌薬（メチシリンなど）、マクロライド系抗菌薬（エリスロマイシンなど）、キノロン系抗菌薬（レボフロキサシンなど）を抗感染治療に用いることができる。
4.理学療法：初期には局所の炎症反応を抑えるために、超短波、遠赤外線、半導体レーザーによる理学療法を行う。
5.外科的治療：毛嚢炎が腫れ物や膿に発展した場合、外科的切開排膿が必要で、圧迫してはいけない。
毛嚢炎の患者さんには、やみくもに自分の薬を使うのではなく、医師の指導の下、標準化された治療を受け、時間内に病院に行くことをお勧めします。