口腔咽頭ぬぐい液は主に咽頭、すなわち咽頭後壁と両側の扁桃から採取する。 口腔咽頭ぬぐい液を採取する前に口腔衛生に注意する必要があり、事前にうがいをした後、口を開けて咽頭と咽頭を露出させ、咽頭ぬぐい液で咽頭弓と口蓋弓を前後に拭いて接触面積を増やし、採取の過程で口や舌に接触しないようにすることが推奨される。 採取前には、咽頭ぬぐい液が咽頭後壁を刺激して吐き気や嘔吐を起こさないように、マスクの着用や1m以上の距離を保つなど、身辺の保護強化に留意し、採取前の満腹は避ける。 口腔咽頭ぬぐい液の採取は、健康に影響を及ぼす可能性のある不適切な個人的操作を避けるため、専門の医師が行うこと。