大腸炎の新薬（最新の治療法）としては、糞便細菌叢移植、微生物製剤、幹細胞療法などがある。
1.糞便細菌叢移植は、大腸炎患者の腸内に健康な腸内細菌叢を移植することで、微生物障害を改善し、正常な腸内細菌叢を再構築するもので、大腸炎の治療法として近年登場した新しい方法である。 多くの研究により、大腸炎の治療は安全であり、大腸炎の寛解を誘導できることが示されている。
2.微小生態学的薬剤は、腸管内腔の細菌に直接作用することで身体の防御免疫反応を活性化し、消化管を調整するために使用することができ、大腸炎の寛解期の維持療法に使用することができる。 プロバイオティクス（ビフィドバクテリウム・ビフィダムなど）は、大腸炎の炎症レベルにおいて有効であることが示されている。
3.骨髄間葉系幹細胞は、免疫調節だけでなく組織移行能を持ち、その主な治療目標は、炎症の緩和、手術率の低下、長期的な患者のQOLの改善であり、幅広い大腸炎患者に新たな治療の方向性を提供するものである。
以上の治療法はいずれも、大腸炎治療のための最新の研究による選択肢であるが、副作用を避けるため、患者が自己判断で試すことは推奨されず、薬剤は専門医の指導のもとで使用する必要がある。