踵骨髄水腫の最良の治療法は、原因を明らかにし、踵の体重負荷や力を軽減する一般的治療、電磁療法などの物理的治療、セファロスポリン系抗生物質などの薬物治療、局所骨腫瘍切除などの外科的治療など、原因に対する総合的治療を行うことである。 踵骨髄水腫はMRI画像上の症状であり、外傷、感染症、腫瘍など様々な原因により発症するため、その治療法は一概には言えない。 骨折を伴わない外傷性の踵骨髄水腫は、通常、早期にアイスパックなどの理学療法を行い、体重の負荷や踵への負担を避けることで治療する。感染症が原因の場合は、セフトリアキソンなどの抗菌薬による治療が必要である。