抗原と抗体の違いは、抗原が自己に免疫反応を引き起こす物質の総称であるのに対し、抗体は抗原に特異的に結合する自己産生免疫グロブリンの総称であることである。
1.抗原(Ag)はB細胞によって認識され、T細胞を活性化することにより、持続的な免疫反応を引き起こす。
抗原は、特異性（抗原は対応するエフェクターT細胞または抗体にのみ特異的に結合できる）、高分子（相対分子量が10,000以上であり、分子量が大きくなるほど抗原性が高くなる）、異物（自身の組織細胞には受容されない）という基本的性質を持つ。
2.抗体とは、防御作用を持つタンパク質で、主に抗原に対する刺激に対して産生される。 抗体は、抗原を特異的に認識できる形質細胞（エフェクターB細胞）から分泌され、主に免疫系で抗原の識別と中和に使われ、IgG、IgM、IgA、IgD、IgEの5種類がある。
抗原の主な機能は、病原体の侵入を防ぎ毒素を中和すること、補体を活性化し細胞溶解破壊を誘導すること、貪食と細胞毒性を調節すること、I型過敏反応を媒介することである。