赤ちゃんの機能性ディスペプシアの治療には、一般治療、薬物治療、心理治療などがある。
1.一般的治療：子供の生活習慣を改善し、食事の構成と習慣を調整し、過食を避け、消化の良い軽い食べ物を食べる。
2.薬物治療：機能性ディスペプシアには、複合ペプシン、ボホール内服液などの消化剤を投与するだけでなく、ビフィズス菌、枯草菌ビフィズス菌などのプロバイオティクスを内服して腸内細菌叢を整え、制酸剤、よく使われるアルミナ炭酸マグネシウム、水酸化アルミニウムなどを内服する。 食後膨満感や早期満腹感など、子どもの消化不良の症状を改善することができる。
4.心理的治療：精神的・心理的障害も小児の消化不良を引き起こすことがあり、明らかな精神的・心理的障害のある小児には、アルプラゾラムやフルオキセチンなどの抗不安薬や抗うつ薬で心理的治療を行い、症状を改善することができる。
子供が機能性ディスペプシアに罹患した場合、親は時間内に病院に連れて行き、医師の指導のもと治療を行う。 上記の薬は医師の指示に従って使用する。