ラジオ波焼灼療法を受けるべきでない患者には、ラジオ波X線に耐えられない患者や、胎児にダメージを与える可能性のある患者が含まれる。
ラジオ波焼灼療法は、X線被曝が胎児に有害である可能性があるため、妊娠初期および後期の女性には明らかに禁忌である。 しかし、長時間の手術に耐えられない全身疾患、肉体疲労、重篤な心不全などを有する患者や、カテーテル操作に支障をきたすような大きな動脈病変や静脈病変を有する患者には、ラジオ波焼灼療法は適さない。
明らかな臨床症状のない患者や不整脈の頻度が少ない患者、迷走神経刺激や薬物療法で終息可能な患者に対しては、一般にラジオ波焼灼術は必要ないと考えられているが、特に小児や高齢者はより慎重であるべきである。
心電図で房室バイパスの存在が示唆される患者や、電気生理学的検査で房室接合部の二重経路現象が認められるが、臨床的に関連する頻脈性不整脈のエピソードの既往がない患者には、高周波アブレーションを行うべきではない。
具体的な状況は人によって異なるので、高周波アブレーションの適否は専門医の意見を参考に判断することができる。