五香瓜の種の中には、香辛料、塩、香料、サッカリン、その他多くの調味料を使って加工されたものがあるため、食べ過ぎは有害である。 食べ過ぎは人体に害を及ぼす。 香辛料の中にはサフロールという化学物質が含まれているものがあり、過剰に摂取すると肝臓の病変を引き起こす可能性がある。サフロールはクラス2Bの発がん性物質に分類されており、動物にがんを引き起こす可能性がある。 一部の五香瓜の種に含まれるサッカリン自体には人体への栄養価はなく、過剰に摂取すると膀胱炎を誘発する可能性がある。 市場に出回っている五香瓜の種のほとんどは塩分が高く、五香瓜の種や塩分の高い食事を長期間大量に摂取すると、血圧が上昇する可能性がある。 また、五香瓜の種を大量に摂取すると、腹部膨満感や消化不良などの胃腸障害を引き起こす可能性がある。 高血圧で胃腸の消化が悪い人は、五香瓜の種の摂取を控え、消化の良いあっさりした食事を心がけることをお勧めする。