インフルエンザが確認された、あるいは疑われる患者さんには、症状の経過にかかわらず、直ちに抗ウイルス療法を行います。 オセルタミビルはインフルエンザの治療に選択される抗ウイルス薬であり、重症インフルエンザに対する他の抗ウイルス薬としてはパラミビルやザナミビル（いずれも非経口投与）があります。
発熱、頭痛、筋肉痛を緩和するために、アセトアミノフェンや非ステロイド性抗炎症薬が二次的に使用されることがある。 サリチル酸塩（アスピリンなど）は、Reye症候群との関連があるため避けるべきである。
65歳未満の妊娠していない健康な成人には、年1回のインフルエンザワクチン接種を推奨する。 65歳以上の人や、重症インフルエンザのリスクが高い人（免疫不全、慢性心血管系疾患、肺疾患、代謝性疾患、妊娠など）には、毎年のインフルエンザワクチン接種を推奨します。
特定の薬剤は、医師の監督下で使用することが推奨されます。