黒豆を適度に食べても害はないが、大量に摂取すると消化不良などの不調を起こすことがある。
黒豆にはカルシウム（224mg/100g）、リン（500mg/100g）などが豊富に含まれている。
良質なたんぱく質（36g/100g）が豊富で、穀類たんぱく質に不足するリジンを多く含むため、穀類たんぱく質の補完食品となる。
また、黒豆の脂肪含量は15～20％で、不飽和脂肪酸が85％、リノール酸が50％含まれているが、心血管や脳血管、骨粗しょう症に有益なリン脂質、大豆イソフラボン、大豆オリゴ糖も多く含まれている。
黒豆の栄養価は非常に高く、一般的に適度な摂取であれば人体に害はない。 しかし、過剰摂取は、消化不良などの不快な症状を引き起こす可能性があり、大豆アレルギーは大豆を食べるべきではありません。