小児の陰茎の痛みの臨床的原因としては、割礼、陰茎外傷、尿道結石などが考えられる。
1.割礼：これはクリニックでよくみられる症状である。 発育過程にある小児の外性器のほとんどは、包皮が長いか割礼をしている可能性があり、関連部位に感染を起こしやすく、亀頭の発赤、腫脹、疼痛を生じる。
2.陰茎外傷：子供の陰茎が活動する過程で外力を受けた後、陰茎部の皮膚が擦り切れることがあり、臨床的には関連部位の皮膚の破損、出血などとして現れる。
3.尿道結石：このような状況は臨床ではあまり見られない。 尿道結石の典型的な臨床症状としては、排尿困難、激痛などがあり、陰茎の遠位端に放散痛を生じることもある。
子供がこのような状況にある場合、親は子供を病院に連れて行き、明確な診断を受けさせ、的を射た治療を行うことを勧める。