小児腸間膜リンパ節性腹痛に対する最も早い治療法はなく、一般的な治療法は原疾患を治療し、ビフィズス菌三倍生菌錠などの腸内フローラ調整薬を投与する。 小児腸間膜リンパ節腹痛の一般的な原因は、風邪やインフルエンザによるもので、明らかな細菌感染の徴候がない場合は、小児小喬清平顆粒などの解熱解毒薬を投与し、細菌感染を合併している場合は、抗生物質（セファレキシンなど）を投与して治療する。 また、腸内細菌叢を整える薬として、ビフィズス菌三倍生菌錠や枯草菌錠、乳児脾粉や脾を起こして児を養う顆粒などを使用します。 食事に注意し、冷たいものや脂っこいものを控える。 腹部の保温に注意する。 風邪をひかないようにし、適度な食事、規則正しい仕事と休息、適切な運動を心がける。