免疫組織化学は比較的複雑な検査で.良性・悪性の腫瘍を識別し.その後の治療の指針とするため.結果が出るまで少なくとも5～7日かかります。 免疫組織化学の結果.エストロゲン受容体とプロゲステロン受容体が陽性であれば.放射線治療や化学療法に加えて.タモキシフェンやレトロゾールなどの内分泌療法を行うことができます。 ヒト上皮成長因子受容体-2の指標であるHER-2の過剰な増幅（+++）がある場合.この場合は標的薬ハーセプチンによる治療が検討されることがあります。 また.診断が難しいリンパ腫などの接合部腫瘍では.免疫組織化学を利用して病期を決定することができます。 この指標が高いほど病気が進行している可能性があるので.病期とステージの判定は非常に重要です。