ペプシノーゲン2は高値であり、ヘリコバクター・ピロリ感染と合併している場合は治療が必要である。 ペプシノーゲン2は胃粘膜病変と強く関連しており、高値は腺萎縮、幽門腺形質転換、異型過形成と関連している可能性がある。 臨床的には、HP（ヘリコバクター・ピロリ）検査が一般的に推奨され、陽性の場合は、オメプラゾール＋アモキシシリン＋クラリスロマイシン＋クエン酸ビスマスカリウムのような4剤併用療法（プロトンポンプ阻害薬＋2種類の抗生物質＋ビスマス剤）を用いてHPを除菌することが多い。 HP感染を除けば、単純な胃粘膜の軽度の損傷であれば、薬物療法は必要なく、辛い刺激物を避け、新鮮な果物や野菜を多く食べるなど、食生活を改善すればよい。 薬は医師の指導のもとで服用し、許可なく使用してはならない。