水腎症には最速で最良の治療法はない。 水腎症は、尿管結石が尿管を塞いでいる場合は砕石治療が必要であり、尿管狭窄がある場合は狭窄の解除が必要であり、炎症がある場合は積極的な抗感染治療が必要であるなど、水腎症の原因に応じて治療されます。
1.尿管結石：尿管結石が尿管を塞ぐと水腎症の原因となる。 3mm程度の小さな結石であれば保存的結石破砕術で治療可能であるが、結石が大きい場合は尿管鏡下レーザー結石破砕術などの外科的治療が考慮される。
2.尿管狭窄：先天性尿管狭窄では尿管形成術が必要である。 尿管腫瘍や腹部腫瘍が尿管を圧迫して水腎症を引き起こしている場合は、積極的に腫瘍を摘出する必要がある。
3.炎症：尿管の炎症も水腎症の原因となるため、積極的な抗感染治療が必要であり、一般的に使用される薬剤はレボフロキサシンなどのキノロン系薬剤やセフォタキシムナトリウムなどのセファロスポリン系薬剤である。
全体的に、水腎症の患者は積極的に病院に行き、医師の指導のもとでさらに検査を行い、水腎症の原因を明らかにし、専門医師の指導のもとで治療の原因を明らかにする必要がある。