扁平上皮乳頭腫性過形成は通常、自然消退しないため治療が必要である。
扁平上皮性乳頭腫性過形成は良性の乳頭腫性過形成の存在を示す病理所見であり、より一般的には尖圭コンジローマとして知られ、性的接触によって感染するヒトパピローマウイルス（HPV）感染症であり、尖圭コンジローマは一度形成されると一般的に自己消退しない。
イボの数や大きさが小さい場合は、一般的に理学療法が勧められ、レーザーや冷凍電気メスなどの方法でイボを除去することができる。 数が多い尖圭コンジローマには外科的治療が必要ですが、これらの治療ではHPVウイルスを根本から排除することはできず、症状を取り除くことしかできません。
HPVウイルス感染症は一定の再発があるため、治療期間中に適切な運動を行い、体の抵抗力を高め、再発を予防する必要があります。
扁平上皮性乳頭腫性過形成は、医師の指導の下、適切な治療法を選択する必要があります。