迅速病理検査と術後病理検査は、検体搬入時間、目的、スピード、精度の点で異なる。 1.搬入時間：迅速病理検査は主に手術中に検体を搬入し、術後病理検査は手術終了後に検体を搬入する。 2.目的：術中迅速病理検査は、主に病変の良性・悪性、リンパ節転移の有無などの予備的判断に用いられ、リンパ節郭清の必要性、切開断端が理想的であるための追加切開の必要性など、次の手術の指針になる。 術後病理検査は、主に病変の良性・悪性の判定、免疫組織化学検査、分子病理検査などを行い、治療法の選択に役立てる。 3.スピード：術中迅速病理検査はスピードが速く、通常30分程度で結果が得られる。 術後病理検査は遅く、結果が出るまで7～14日かかる。 4.精度：迅速病理検査の精度は従来の病理検査に劣り、迅速病理検査医の中には、従来の病理検査の結果を待つ必要がある人もいる。 迅速病理検査と従来の病理検査にはそれぞれ長所と短所があり、治療過程ではしばしば2種類の検査を実施して治療の指針とする必要がある。