ケトジェニックダイエットは、肝臓、腎臓、心血管、骨格の障害、栄養不足、ケトインフルエンザを引き起こす可能性があり、長期的には癌のリスク上昇につながる可能性がある。
1.肝臓：ケトジェニックダイエットで脂肪と動物性たんぱく質を過剰に摂取すると、「NAFLD」のリスクが高まる可能性がある。
2.腎臓：ケトジェニック・ダイエットは体をケトーシス状態にし、尿のpHを下げるため、腎臓結石のリスクが高まる可能性がある。
3.心臓血管系：ケトジェニックダイエットには飽和脂肪酸が多く含まれることが多く、心臓血管の健康には良くない。
4.骨格系：ケトジェニックダイエットを長期間続けると、骨密度が低下するという研究報告がある。
5.栄養不足：ケトジェニックダイエットにおける野菜、果物、全粒穀物の摂取量は十分とは言い難く、長期的には多くのビタミン、ミネラル、食物繊維が不足しやすくなり、健康に悪影響を及ぼす。
6.ケト・インフルエンザ：この言葉は、ケトジェニック・ダイエットを実践している人に起こる、疲労感、めまい、脱力感、活力の低下など、一連の不快な症状を要約するために使われる。 実際には、脳の機能が不十分であることの表れである。
7.ガン：ケトジェニック・ダイエットで肉類を摂りすぎ（コレステロールの過剰摂取）、果物、野菜、穀類を摂らなさすぎる状態が長期間続くと、ガンのリスクが高まる可能性があります。 例えば、コレステロールの過剰摂取は直腸がんや乳がんの発生率を高めます。
一般の人が自分でケトジェニック食を試すことは勧められず、難治性てんかん患者などがケトジェニック食の使用を必要とする場合は、臨床栄養士や臨床医の指導を受ける必要がある。