パラコートの害の原理は完全には解明されておらず、現在のところスーパーオキシドアニオンラジカルの生成に関係していると考えられている。 パラコートは電子受容体であり、細胞に摂取されると細胞内の酸化還元過程に作用し、細胞に損傷を与えるO2や過酸化水素の生成につながる。 体内では、活性輸送メカニズムにより、パラコートが細胞、特に肺組織に侵入する。細胞内でスーパーオキシドアニオンラジカルを生成し、細胞内の還元型グルタチオンを酸化型グルタチオンへと酸化させ、細胞の代謝とその機能に影響を与え、心臓、脳、肝臓、肺など多くの臓器への障害を誘発する。 上記はパラコート中毒の主なメカニズムであるが、ミトコンドリア、上皮細胞、細胞膜に対するパラコートの損傷も関係している可能性がある。 パラコート中毒が起きたら、病院へ行くか、救急センター（120）に電話して助けを求め、医師と協力して専門的な治療を受ける。