難治性の便秘には、ビフィズス菌、クロストリジウム・カゼイなどのプロバイオティクスを介入させることができるが、これらのプロバイオティクスは、腸内細菌叢異常を引き起こす他の疾患の緩和にも用いることができ、「特殊な治療法」という言い方は適切ではない。
しつこい便秘や腸内環境の異常に対しては、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）、クロストリジウム・カゼイ（Clostridium casei）、ラクトバチルス（Lactobacillus）、バチルス・リケニフォルミス（Bacillus licheniformis）など、臨床で一般的に使用されている腸内プロバイオティクスを治療に用いることができるが、上記のプロバイオティクスは、腸内環境の異常を引き起こす他の疾患の緩和にも用いることができ、「専門的な治療薬」という表現は適切ではないことに留意すべきである。
ただし、上記のプロバイオティクスは、あらゆる消化管フローラ不均衡疾患の予防および治療に適しており、いわゆる「頑固な便秘のための特別な治療法」のプロバイオティクスは存在しないことに留意すべきである。
また、プロバイオティクスの禁忌や副作用はまだ不明であり、プロバイオティクスの菌株の違いによる具体的な効能には個人差があることにも留意すべきである。 したがって、しつこい便秘の人が治療のためにプロバイオティクスを使用する必要がある場合は、医師の指導の下で薬を使用すべきであり、副作用を引き起こさないように、やみくもに薬を飲んだり、自己判断で量を増減したりしてはならない。