通常、プロバイオティクスには便秘を緩和する効果がある。
腸内細菌叢に異常がある場合、プロバイオティクスは体内の消化管機能を調整し、腸内微生物生態学的バランスを調整することができ、便秘を緩和する役割を果たすことができる。
しかし、長期的な便秘に対しては、プロバイオティクスの効果は比較的小さいため、他の薬物で補う必要がある。 また、便秘患者は日常生活で軽めの食事をとり、繊維質を多く含む食品を多く摂り、水を多く飲み、適度な運動を増やす必要がある。
加えて、プロバイオティクスは医師の指導のもとで合理的に選択し、自己流で摂取しないことが重要である。 便秘が重症であったり、症状が改善しない場合は、早めに病院へ行き、治療を受ける必要がある。