川崎病には最適な治療期間というものはなく、治療が遅れたために心血管合併症を起こさないように、早期に発見し、早期に治療する必要がある。 川崎病は自己限定性疾患であり、大半の小児の予後は良好であるが、再発は1〜3％程度である。 未治療の小児では冠動脈疾患の可能性が高くなる。 未治療のまま放置すると、心臓病を併発し、予後が悪くなる児もいる。 治療の初期目標は、炎症を制御し、冠動脈の損傷を軽減し、冠動脈腫瘍の形成と血栓塞栓症を予防することである。 診断がついたら、できるだけ早く治療を開始すべきである。 予後を改善するためには、冠動脈疾患に基づく川崎病患者の経過観察が重要である。 冠動脈疾患が1ヵ月後も持続している患者では、生涯にわたる経過観察が必要である。