アンブロキソールとカルボシステインのどちらが安全かは比較できないが、2つの副作用は似ており、禁忌は異なるため、医師の助言に従って使用すべきである。 アンブロキソールは忍容性が高く、軽度の胃腸障害（嘔吐、吐き気、消化不良、下痢など）、発疹、まれに血管神経性浮腫、めまい、頭痛などの副作用がまれにみられる。 アンブロキソールに対して過敏症の場合は禁忌である。 妊娠3カ月は使用しないこと。 カルボシステインでは、胃のむかつき、吐き気、下痢、軽い頭痛、発疹などの副反応がみられる。 カルボシステインは、活動性の消化性潰瘍や製品アレルギーのある人には禁忌である。 妊娠中や授乳中の女性には注意して使用する。 アンブロキソールもカルボシステインも、呼吸器疾患による痰の切れにくい咳や濃い痰に用いることができる。 両者は禁忌とされるグループが異なり、副反応も類似しているため、安全性を比較することはできず、医師の指導のもと、個々の状況に応じて合理的に使用する必要がある。