背部痛を伴う水腎症は主に尿路閉塞が原因で、一般的な原因としては尿路結石、泌尿生殖器腫瘍、前立腺肥大症、先天性発育異常などが挙げられる。 上記のような病態により、尿が腎臓に逆流・貯留すると、腎内圧の上昇、腎実質の萎縮、機能低下を引き起こし、背部痛を伴う腎結石を誘発します。 尿路結石は、腎梁、腎盂、尿管、膀胱、尿道などの泌尿生殖器系構造物に認められることがある。 泌尿生殖器腫瘍には、腎臓、腎盂、尿管、膀胱尿道、陰茎のがんなどがある。 前立腺肥大も尿道を圧迫して閉塞を引き起こすことがあり、生理的なもの（加齢による肥大）と病的なもの（腫瘍など）に分類される。 腎盂尿管接合部の狭窄や尿管の異所性開口などの発育異常は尿路閉塞を引き起こしやすく、腎結石の原因となる。 まとめると、腰痛を伴う水腎症の患者は、通常の病院で検査を受け、病気の原因をはっきりさせ、医師の指示に従って病気の原因を治療する必要がある。