コナラの根は、漢方では「桂枝茯苓丸（けいしぶくりょうがん）」とも呼ばれる薬用根または根皮で、気を動かし、（体の気を整えて）痛みを和らげ、止血や腫れを抑え、風疹、腹痛、疥癬などの症状を改善することで知られている。
コナラの根は乾燥したものと生のものがあり、漢方医によると、味はまろやかでやや辛味があり、肝経と胃経に属し、気の巡りを促進し、鎮痛、止血、腫脹に効果があり、他の薬、例えばオウバク、プランタゴ・アジアティカ（Plantago asiatica）、シサンドラエ・キネンシス（紫金皮）の根皮などと煎じて胃痛にも用いられる。
ミズナラの根は、風疹、疥癬などの治療に内用されるほか、新鮮なものを砕いて患部に外用し、切り傷からの出血にも効果がある。
コナラの根は臨床で広く使われているわけではなく、明らかな毒性副作用はないが、無差別に使うべきではなく、患者の病状を改善する必要がある場合は、専門の漢方医の指導のもとで使用すべきである。