脳のルーチンCT検査による重大な副作用はありませんが、造影剤の注入による脳のCT強調検査では、造影剤腎症などの副作用がある場合があります。
脳のルーチンCT検査は放射線量が非常に低く、身体への重大な副作用はほぼありません。 脳のCT強調検査を行った場合、甲状腺機能亢進症の症状を悪化させたり、造影剤の注入によるアレルギー反応を起こすことがあります。 また、造影剤が腎臓の障害を悪化させることがあり、正常な人でも腎機能に障害が出ることがある。
脳CTの技術はますます進歩し、人体のスキャン時間はどんどん短くなっており、特に高列CTでは人体への放射線はさらに低くなっているため、平坦な脳CT検査1回では人体に大きな影響はない。 しかし、CT検査が乱用されたり、頻繁に放射線検査が行われたりすると、被検者に一定の放射線障害を与える可能性があり、患者に経済的な浪費を強いることになる。
脳CT検査を実施する前に、医師は被検者の状態を詳しく説明する必要があり、妊娠可能な年齢の女性、妊婦、乳幼児や小児はできるだけCT検査を避けるべきである。