小児脳炎は感染性脳炎と非感染性脳炎に分類され、病歴、臨床症状、脳脊髄液検査、病原体検査によって臨床的に判断することができる。
小児脳炎の臨床症状は、病変の部位や範囲によってさまざまである。 発症初期には、発熱、頭痛、悪心・嘔吐、抑うつがみられる。 その後、頭痛と嘔吐が出現し、しばしば全身または局所のけいれんを伴い、時に意識障害や精神症状を伴い、重症例では生命を脅かすこともある。
乳幼児脳炎の臨床症状は特異性に乏しく、嗜眠、哺乳不良、易刺激性などに限定されることが多いため、見過ごされることがあることに注意すべきである。
臨床診断では、禁忌を除外した上で腰椎穿刺を行い、脳脊髄液を採取してさらに詳しく調べることで診断を明確にすることができる。 さらに、小児におけるウイルス血清学的検査、頭蓋磁気共鳴法、脳波検査をより精緻化する必要がある。
小児で脳炎が疑われる場合には、医師の診断を受けて明確な診断を下し、治療が遅れないように医師の指示に従い適切な治療を行うことが必要である。