乳幼児が繰り返す腸炎には、薬物治療、一般治療など積極的な治療が必要である。
1.薬物治療：一般的に使用される薬物としては、腸粘膜保護剤（モンテルカストなど）、微生物製剤（乳酸菌、ビフィズス菌など）、細菌感染によるものであればセフトリアキソンなどの抗生物質の投与が必要である。
2.一般的治療：消費エネルギーを補うために、食事療法を合理的に行う必要がある。 補食は消化のよいものを中心にし、繊維の粗い野菜や糖分の多い果物の多食は避ける。
ただし、医師の指導のもとに適切な薬を選択し、やみくもに薬を乱用しないことが重要である。