直腸吻合の使用に伴う副作用は一般的にない。
直腸吻合は、直腸病変の後につながった直腸の両側の切り株を取り除く目的で用いられる。 直腸吻合術は骨盤粘膜と直腸の縫合が困難なため、直腸癌の手術後に行われるのが一般的である。そのため、使い勝手がよく、骨盤や直腸の手術の幅を広げることができる直腸吻合術は消化管吻合術に広く用いられている。
直腸吻合術では一般に大きなステープルを用いて患者の体組織を吻合・剥離する。 閉鎖には使い捨てのチタン製またはステンレス製のステープルを使用するため、副作用や手術合併症はほとんどない。
術後に肛門や直腸に違和感を覚えることがあるが、それは創傷治癒や局所組織の瘢痕化によるもので、直腸吻合の副作用ではない。