頭蓋咽頭腫の場合、明らかで大きな残存物は手術中および手術後の画像診断で知ることができるが、小さな残存物や隠れた残存物は、手術後1~5年後に再発したときに発見されることが多い。
頭蓋咽頭腫に対する簡単な手術方法は、神経血管や視神経を損傷することなく腫瘍を可能な限り完全に摘出することである。 腫瘍が視床下部、視神経、内頸動脈などの重要な構造に強固に癒着しており、腫瘍の全摘出が重篤な合併症を引き起こす可能性がある場合、手術の目的は腫瘍の縮小、視神経の圧迫緩和、脳脊髄液循環経路の再構築であり、手術は術後放射線治療で補完される。
術中に全摘出が困難であることが判明した場合、術者は家族と連絡を取り、手術中にそれを知ることになる。 術後、CTプレーンスキャンで鞍部に不規則な腫瘤陰影がみられ、嚢壁に斑状または卵殻状の石灰化陰影がみられることがある。 腫瘍の特徴的な変化は、磁気共鳴や増強スキャンで観察できる。
手術から1～5年後に再発した場合、内分泌機能障害、視覚障害、頭蓋内圧亢進などの明確な症状の存在によって、微小で陰性の残存腫瘤が発見されることがほとんどである。
頭蓋咽頭腫を外科的に治療する場合、診断と治療を標準化するために、担当医に相談することができる。