舌下潰瘍は原因によって治療する必要があり、一般的に口腔潰瘍、外傷性潰瘍、口唇単純ヘルペス、口腔扁平苔癬、舌癌などの原因を考え、一般治療、薬物治療、理学療法、外科治療などの措置に対応することができます。
1.口腔潰瘍：口腔粘膜と舌下に潰瘍ができ、一般的な治療：野菜と果物を多く食べ、水を多く飲む；薬物治療：ビタミンC錠剤、ビタミンB2錠剤の内服、デキサメタゾン内服パッチ、アイスボロンパウダーなどの薬物で治療する。
2.外傷性潰瘍：咬傷などによるもので、一般的な治療法：ゆっくり噛んで食べる、水を多めに飲む、薬物治療法：スイカクリーム、アイスボロンパウダー、西胃安カプセルパウダーを患部に塗布するなどの治療法がある。
3.口唇単純ヘルペス：ヘルペスウイルスの感染により、ヘルペスウイルスが破れた後、潰瘍を形成することができる。 一般的な治療：栄養のバランス、水を多く飲むなど。薬物治療：アシクロビル錠、ガンシクロビル錠などの抗ウイルス薬を内服して治療する。
4.口腔扁平苔癬：免疫と内分泌の要因により、薬物療法と理学療法で治療できる。 ビタミンAクリームの塗布や炭酸ガスレーザー治療もある。
5.舌癌：悪性腫瘍に属し、舌痛症、舌びらん、潰瘍、しこりなどの症状が現れる。 放射線治療、化学療法、外科手術（切除と再建）の併用で治療します。
病院を受診し、病気の原因を明確に診断した上で治療を行う必要があり、漫然と薬を使用してはならない。