乳幼児のファロー四徴症は、根治手術や緩和手術など手術が主な治療法ですが、臨床症状に応じて薬物療法などで症状を改善することもあります。
1.外科的治療
(1) 根治的手術：生体の状態が許せば、手術によって心室中隔欠損の修復、右室流出路の閉塞解除など、対応する解剖学的異常を修復し、正常な体循環と肺循環を取り戻し、低酸素症などの症状を改善する。
(2)緩和的手術：肺血管の発達が悪く、身体的条件が許さない少数の乳児に対しては、緩和的バイパス手術を行って肺への血流を増加させ、肺血管の発達を促進して低酸素症を改善し、将来の修正手術のための条件を整えることができる。
2.薬物療法：薬物療法は医師の指示のもと、乳児の状態に合わせて行う必要がある。 プロプラノロールのような一般的に使用されるβ遮断薬は、心拍数を遅くし、右室流出路の筋肉部分の収縮を抑制することで、低酸素症の症状を緩和することができる。
乳児がファロー四徴症と診断された場合は、この病気の悪影響を最小限に抑えるために、早期から標準的な治療を行うことが推奨されます。