脳ヘルニアを人工呼吸器でどの程度維持できるかは、患者の実際の状態によるが、積極的な治療を行わなければ、通常は短期間で呼吸停止が起こる。
脳ヘルニア患者の呼吸を人工呼吸器で維持するだけでは、脳ヘルニアの症状を緩和することはできないので、積極的に脱水剤（マンニトールなど）の投与や、必要であればデブリドマンによる減圧手術を行い、同時に脳腫瘍や水頭症などの原疾患にも積極的に対処する必要がある。
早期治療が適時に行われ、重篤な合併症がなければ、通常、患者の生命予後に影響はない。
脳ヘルニアによって呼吸中枢が大きく損傷されたり、脳ヘルニアが進行したりすると、呼吸能力は完全に失われ、人工呼吸器のサポートがなければ、患者は短時間で死亡する。