胃カメラと大腸カメラを同時に行うのは、大腸カメラの前に胃カメラを行うのがよい。 胃カメラは上部消化管（食道、胃、十二指腸を含む）の粘膜病変を検査する。 胃カメラは下部消化管（結腸、直腸を含む）を検査するので、2か所の検査となる。 胃カメラは通常空腹時に行うが、大腸内視鏡検査では腸をきれいにするために浣腸やポリエチレングリコール分散液などの腸管洗浄剤が必要となる。 患者は早朝に食事をとらずにまず胃カメラを行い、胃カメラの後に腸の検査を行うこともある。 患者は胃内視鏡検査の順番を自分で決めず、主治医に尋ねることを勧められる。主治医は総合的な分析を行い、胃内視鏡検査と腸内視鏡検査の順番を明確にする。