扁桃結石は、出血や感染を避けるために自分で押しつぶすことを避け、うがい、洗口、手術などで取り除くことができる。
扁桃結石は通常、食べ物のカスが扁桃陰窩の細菌の作用で石灰化し、結石となったもので、通常は自然に排出されるか、咳で出てきます。 それでも扁桃結石がある場合は、ぬるま湯でうがいをするなどして表面の結石を排出させ、自分でしぼらないようにします。扁桃結石は適切な手術をしないと、扁桃周囲に感染や出血を起こしやすくなります。
扁桃結石は、医師の指導のもと、鉗子（かんし）や口腔洗浄器などの器具を光源に誘導されながら摘出することが勧められます。 大きな扁桃結石や再発を繰り返す扁桃結石の患者さんには、扁桃摘出術による手術が行われることもあります。
扁桃結石がある場合は、医師の指導のもと標準的な治療を行い、時間内に病院に行くことをお勧めします。