腸内細菌叢に異常がなければ、通常、腸内細菌叢の調節は必要ないが、腸内細菌叢に異常がある場合は、栄養を強化したり、微生物生態学的薬剤などの薬剤を使用したりすることで治療することができる。
腸内フローラ異常症の場合は、原因因子を是正し、免疫抑制剤、抗菌剤、制酸剤など腸内生態系のバランスを崩す薬剤の使用を控え、慎重に使用する必要がある。周術期、あらゆる外傷、放射線治療の治療などに対応し、本疾患の発生に注意し、予防する必要がある。
1.栄養の強化：免疫機能の低下や栄養不良などの状態は腸内細菌叢異常の条件を作り出すため、体の免疫力を向上させ、栄養補給を行う必要がある。 非経口栄養は最小限にとどめ、経口摂取が不可能な場合は経腸栄養や経鼻栄養を用いる。 経腸栄養剤は、消化管の微小生態学的バランスを維持する上で重要な役割を果たす。
2.微生物生態学的薬剤：腸内フローラ異常症に対しては、微生物生態学的薬剤も適宜合理的に使用することができ、乳酸菌、腸球菌、バチルス菌などの生菌剤やフルクトース、オリゴキシロースなどのプレバイオティクス剤を単独で、あるいは組み合わせて使用することができる。
体調がすぐれない場合は、早めに病院を受診し、医師の指示に従って対症療法を行うことをお勧めする。