サフラニンと化合物サフラニンの違いは、性質、組成、作用などの違いにある。
1.性質：サフラニンは西洋医学に属する。 化合物フラボノイドは漢方薬に属する。
2.成分：ベルベリン塩酸塩はサフラニンの有効成分で、合成することができる。 化合物フラボノイドには、塩酸ベルベリン以外に、木犀、白芍、呉茱萸などがある。
3.作用：黄連神にはわずかな抗菌作用があるが、赤痢菌や大腸菌には非常に優れた抑制作用があり、胃腸炎などの腸炎には治療効果が非常に高い。
また、複方黄芩は清熱利湿、理気通痛（体の気を整えて痛みを和らげること）、止瀉の作用があるので、大腸の乾燥や赤白赤痢、肛門の火傷の治療に用いることができる。
患者が選択した特定の薬剤を使用する前に、医療専門家に相談することをお勧めする。