胚性不妊の原因は、母体因子、胚因子、生活習慣、環境因子など複雑で多岐にわたる。 母体因子には生殖器の病変や奇形、感染症、黄体機能不全などがあり、胚因子には主に染色体異常があり、父体因子には精子の質の低下、喫煙、飲酒などがあり、環境因子には室内装飾汚染、大気汚染、放射線などがある。 これらは検査によって発見されることもある。 上記の要因以外にも、十分な医学的研究によって特定できない原因も多くあるため、胚性不稔の原因の中には検査によって発見できないものもあり、妊娠前の積極的な検査や遺伝カウンセリングによって胚性不稔の発生を予防することが推奨される。