通常、腎盂腎炎の治療には点滴が選択され、経口抗生物質で治療できるのはごく軽度の腎盂腎炎に限られます。 通常、セフィキシムやレボフロキサシンなどのセファロスポリン系またはキノロン系の抗生物質が選択されます。 腎盂腎炎は急性腎盂腎炎と慢性腎盂腎炎に分けられます。 急性腎盂腎炎と慢性腎盂腎炎の急性発作は通常、細菌感染によって引き起こされ、この場合、患者は通常、抗生物質を静脈内投与する必要があり、内服薬の選択肢はありません。 ごく軽度の腎盂腎炎に限って抗生物質の内服が行われ、通常はセフィキシムなどのセファロスポリン系やレボフロキサシンなどのキノロン系が経験的に使用され、後日尿培養の感度結果に応じて抗生物質が調整される。 慢性腎盂腎炎が非急性増悪した場合は、患者の状態に応じて治療薬を決定する必要があり、高血圧の患者は降圧剤（バルサルタン、ニフェジピン徐放錠など）を選択し、腎性貧血の患者はロキサレスタットなどの内服治療を選択することができる。 上記の薬物療法はすべて医師の指導のもとで行うべきであり、病状を悪化させないために自己判断で薬物療法を選択すべきではない。 腎盂腎炎の患者は、できるだけ早く通常の病院に行き、専門医の指導のもとで総合的な治療を受けることをお勧めする。