ヘパリンの副作用には主に出血、血小板減少症などがある。
1.出血：主な副作用であり、様々な粘膜出血、関節腔内への血液貯留、創部出血として現れることが多い。
2.血小板減少：ヘパリンによる一過性の血小板凝集が原因であることが多く、通常投与後7~8日で発現し、免疫反応と関連している可能性がある。
3.その他：時に喘息、蕁麻疹、結膜炎、発熱などのアレルギー反応がみられることがある。 長期連用により骨粗鬆症、骨折を起こすことがある。 妊婦の場合、早産や死産につながる可能性がある。
ヘパリンアレルギーのある人、出血傾向のある人、紫斑病のある人、妊婦、産褥期、肝不全、腎不全のある人は禁忌とする。 何か不快な症状がある場合は、診断と治療のためにすぐに医師に相談することをお勧めします。 薬剤の使用は医師の指導の下で行う必要がある。