一般に回盲部切除後の後遺症はないが、少数の患者には癒着、感染症のリスク、栄養吸収不良や下痢などの後遺症が残ることがある。 回盲部の外科的切除は瘢痕性癒着をもたらし、癒着性腸閉塞のリスクを高める。 腹部の手術部位に不快感や痛みを感じる患者は、できるだけ早く医師の診察を受けるべきである。 術後、感染症のリスクが高まることがある。 回盲部フラップ切除後は、小腸内容物の大腸への急激な流入や盲腸内容物の回腸への逆流を効果的に防ぐことができず、腸壁を刺激して感染症のリスクが高まる。 また、術後は栄養の吸収不良を起こすこともある。 回腸末端は胆汁酸塩、内因子、ビタミンB12の主な吸収部位であり、回盲弁切除後は回腸から大腸への栄養の流れが増加し、栄養の吸収が低下する。 術後は回盲弁の機能が消失するため、回腸と空腸の環境や細菌叢の差が狭くなり、腸炎が発生しやすく、下痢症状が現れやすくなる。