ゴボウは通常、煎じ薬として飲まれる。
ゴボウは辛味、苦味、寒性の性質がある。 肺経と胃経に属する。 風熱を散じ、肺や発疹を促進し、節を散じ、毒素を除去する作用があり、風熱の風邪、咳や痰、麻疹、風疹、咽頭炎、おたふく風邪、伝染病（皮膚が絵の具を塗ったように赤くなる急性の感染症）、癰腫、腫れ物、その他の病気に用いられる。
ゴボウの副作用や禁忌は今のところ明らかではない。 炒め物にすると、苦味・寒気・整腸作用がやや弱まることがある。 気虚で便がゆるい（細く、形のない便）場合は注意が必要である。
薬が必要な場合は、体への悪影響を避けるため、自己判断でやみくもに薬を使うのではなく、病院に行ってはっきり診断してもらい、医師の鑑別の上で薬を使うべきである。