腸管代謝機能の低下は原因に応じて治療する必要があり、一般的な原因としては過敏性腸症候群（機能性腸疾患）、機能性便秘、慢性腸炎などが挙げられる。 主な治療法は一般治療と薬物療法である。
1.過敏性腸症候群（IBS）：腹痛、排便習慣の変化、便性状が主な原因。 良好な生活習慣と食生活の確立；不安の解消、必要に応じて心理行動療法；臭化ピボキシル、アロセトロンは腹痛を和らげる；ロペラミド、ジフェノクマロールは重度の下痢に有効で、モンテルカストは軽症例に使用できる；モサプリド、ソルビトールは便秘の治療に使用される。
2.機能性便秘：主な症状は硬い便、排便回数の減少、排便困難である。 ドンペリドン、モサプリドは消化管動態を促進し、腸の運動を調節する。ラクツロース、マンニトール、ビサコジルは便の排出を促進する。糞便インパクションはグリセリン坐薬で洗浄浣腸する。
3.慢性腸炎：環境、感染、免疫などの要因によって引き起こされ、腹痛や下痢、腹部膨満感、消化不良が主な症状である。 主に薬物療法と対症療法を行う。 セファロスポリン、プラジカンテル、バクテリオファージなどの抗感染症薬、アトロピン、スコポラミン鎮痙鎮痛薬、モンテルカストによる下痢止め、ビフィズス菌による腸内細菌叢の改善など。
腸の代謝機能が低下している場合、他の原因も考えられるが、明らかな症状がある場合は、適時に医師に相談し、医師の指導のもとで原因をはっきりさせ、対症療法を行うことを勧める。 上記の医薬品は、医師の指導のもとで使用する必要がある。