ポビドンヨードとホウ酸ローションの主な違いは、作用機序と殺菌力が異なることである。 ポビドンヨードには幅広い殺菌作用があり、病原菌のタンパク質を変性させ、細菌、真菌、原虫、一部のウイルスなどを死滅させることができる。 ホウ酸ローションの細菌や真菌に対する抑制効果は弱く、主に酸性と細菌のタンパク質のアミノ基の組み合わせによって抑制効果を発揮する。 ホウ酸ローションは刺激が少なく、傷ついた皮膚、粘膜を洗浄するために使用することができ、急性皮膚炎、湿布をにじませる湿疹のために、また、口内炎、咽頭炎のうがいに使用することができます。 どちらも使用するとアレルギー性皮膚反応を起こすことがあり、この2つの薬にアレルギーのある人には禁忌である。 ポビドンヨードやホウ酸ローションの方が一般的で広く使われているが、薬の使用は自己判断ではなく、医師の指示に従うべきである。