茯苓と桂枝茯苓丸の違いは主に薬用部位、効能・効果、使用禁忌などに現れる。
薬用部位：茯苓はユリ科サルノコシカケの根茎を薄く切って乾燥したものであり，茯苓はキクラゲ科茯苓の菌根菌を乾燥したものである。
効能及び効果：茯苓は主に解毒、除湿、関節の円滑化に用いられ、梅毒や水銀中毒による四肢の拘縮、腱や骨の痛み、湿熱消腫、癰腫などの治療に用いられる。
茯苓は利水滲湿（水の運化作用により湿を発散させる）の効能があり、脾を強め、心を養うので、水腫・頻尿、痰飲・動悸（痰飲・心悸亢進による眩暈）、少食・緩便の脾虚、下痢、心神不穏、動悸・不眠などに効果がある。
使用禁忌：茯苓は寒虚、精虚、滑質、水湿のない陰虚の人には禁忌であり、肝腎陰虚（肝臓と腎臓の陰が不足している）の人は当帰芍薬散の服用に注意し、当帰芍薬散の服用時にはお茶を飲んではいけない。
両者は異なる漢方薬であり、慎重に区別して使用すべきである。 使用前に漢方医に相談し、医師の指導のもとで使用することをお勧めする。