無菌性慢性前立腺炎は、臨床的には慢性非細菌性前立腺炎あるいは慢性骨盤痛症候群と呼ばれ、炎症性と非炎症性のサブタイプに分けられる。 炎症性慢性非細菌性前立腺炎は抗生物質による経験的治療が推奨されるが、非炎症性の抗生物質は一般的には推奨されない。 1.炎症性慢性非細菌性前立腺炎：炎症性慢性非細菌性前立腺炎は、まず抗生物質で治療することが勧められ、治療効果に応じて、シプロフロキサシンまたは他の広域スペクトル抗生物質を経口投与することが好ましい。クラミジア、マイコプラズマなどの感染症がある場合は、アジスロマイシン、クラリスロマイシンなどの抗生物質を経口投与することもできる。 2.非炎症性慢性非細菌性前立腺炎：この種の前立腺炎患者は抗生物質の使用を勧めず、アルフゾシン、タムスロシンなどのα遮断薬による治療を勧め、さらにインドメタシン、セレコキシブなどの抗炎症薬や鎮痛薬を使用し、病気の治療を補助するが、多数の薬剤の長期使用は勧めない。 慢性の非細菌性前立腺炎の原因は複雑で、その病態は今のところ完全に解明されていないため、明確な治療方針はなく、経験的な治療が中心である。