一般に、虫垂嚢胞は外科的治療が可能であり、発見されたら外科的に摘出し、病理検査の結果に応じて、次の具体的な手術方法と経過観察方法を決定する。 一般的に嚢胞自体は比較的良性の病変であり、切除の際には腹膜の完全性を確保し、嚢胞内の粘液が腹腔内に広がらないように嚢胞を完全に摘出し、手術中に破裂した場合には腹腔内を繰り返し洗浄し、腹膜の偽粘液性腫瘍の形成を避ける必要がある。 病理検査の結果、悪性であった場合は、腸の他の部分を切除し、周囲のリンパ節も一部切除して病変を完全に取り除く必要があり、術後はレボフロキサシンやセフロキシムなどの抗生物質を静注し、感染の予防と管理を行う。 病理検査で悪性病変であった場合は、手術中に近傍のリンパ節を廓清し、術後に5-FUなどの化学療法を行う必要がある。