肛門周囲膿瘍の治療過程は主に検査と診断、膿瘍形成前の治療、手術治療、リハビリなどの段階からなる。
1.診査診断段階：初診や身体検査で症状がある場合、医師は一般的に局所の発赤や腫脹を見つけたり、肛門視診や指診で内部の開口部の位置を大まかに判断して予備診断を行い、さらに肛門周囲超音波検査や血液検査などの検査を行うことで、基本的に明確な診断を下すことができます。
2.膿瘍形成前段階：この段階は明らかな症状がないため、見逃されることがほとんどです。発見後、トリソマイシン、メトロニダゾール、レボフロキサシンなどの抗生物質治療を行います。 膿瘍の形成を抑えることで治癒する患者もいるが、再発の可能性もある。
3.外科的治療段階：膿瘍が形成されたら、できるだけ早く切開排膿または1回限りの根治手術を行う。 膿瘍の範囲と位置は超音波で判断でき、表在性の膿瘍は局所麻酔で、深在性は腰椎麻酔、あるいは全身麻酔で行う必要がある。
4.リハビリ段階：手術後、適時に薬を交換したり、膿瘍腔を洗浄したり、過マンガン酸カリウムやヨウ素を入れた温水座浴をしたり、香辛料を避けた薄味の食事をしたり、便を軟らかくして排便時の痛みを軽減するために容量性下剤を服用したりして、徐々に回復させる。
肛門周囲膿瘍は、重篤な合併症を避けるため、適時の治療が必要である。