ゴボウは通常ゴボウ種子として使用され、風熱を去り、肺を促進して発疹を貫通し、咽頭を和らげて毒素を解毒する作用がある。 風熱風邪、咽頭痛、不透疹、癰腫、潰瘍を治療する作用がある。
牛蒡子はキク科のゴボウの果実で、主に風熱感冒、頭痛、咽頭痛、発疹、癰腫、咳嗽、瘡毒、白癬、湿疹などの治療に用いられる。
ゴボウの副作用は知られていない。 炒め物にすると、苦味のある冷え性や便通をよくする作用がやや弱まることがある。 気虚や緩便（便が細く、形が整っていない）の場合は注意が必要である。
薬を使用する必要がある場合は、専門の漢方医による鑑別後に使用する必要があり、副作用を避けるために自己判断で使用しないこと。