甲状腺機能低下症は甲状腺機能低下症とも呼ばれますが、状況によっては完全に治ることもあります。 亜急性甲状腺炎と薬物療法による甲状腺機能低下症は治る可能性がありますが、自己免疫性甲状腺炎と治療による甲状腺機能低下症は一般的に治りません。
甲状腺機能低下症が治るかどうかは、甲状腺機能低下症の原因によって異なります。 亜急性甲状腺炎は自己限定性疾患であり、それによる甲状腺機能低下症は治ります。 しかし、亜急性甲状腺炎の患者の中には、永久的な甲状腺機能低下症になる人も少なからずいます。 薬剤性甲状腺機能低下症は、プロポキシピリンなどの抗甲状腺薬の過剰投与によっても起こりますが、薬の服用を中止したり、量を減らしたりすれば回復します。
しかし、自己免疫性甲状腺炎（橋本甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎など）、治療（甲状腺摘出術、ヨード放射線療法など）などによる甲状腺機能低下症は、完全に治すことはできませんが、標準的な薬の使用の下で、甲状腺ホルモンを正常レベルに維持することができます。
甲状腺機能低下症と診断された患者さんは、積極的に医師の治療に協力する必要があります。